崇基学院于一九五一年由香港基督教教会代表所创办，继承以前在中国国内13所基督教大学之精神，及各宗派之神学教育传统，并加以发扬光大。本院之历史源流可追溯至一八六四年，长老会在广州花地设立之神学训练学校，该校于一九一四年即与圣公会及循道公会之神学训练学校合并为广州协和神学院，于战时曾先后与华中大学及岭南大学合作。战后圣公会、卫理公会与道风山基督教丛林共同创立香港协和神学院，而中华基督教会与循道公会则参加新加坡之三一神学院。
自一九五七年起，崇基学院已开设宗教教育及神学科目。一九六二年，当崇基学院尚未加入中文大学时，神学教育之责，乃由当时独立组成之崇基神学院担任，以中华基督教会之香港神学院为该新神学院之核心。崇基神学院与崇基学院保持密切良好之关系，并由崇基学院校长容启东教授担任首任校长。
一九六六年崇真会（巴色差会）亦将其乐育神学院并入；而乐育神学院历史悠久，设自一八六四年宝安县之李朗，曾数易院址，在一九五五年设校于西贡。当时之崇基神学院乃由中华基督教会、循道公会、圣公会、卫理公会、潮语浸信会及崇真会共同支持，其校董会亦由各合作教会之代表所组成，并计划在崇基学院内兴建神学楼。
一九六八年，崇基神学院改制。神学训练工作转由新设立于崇基学院内之神学组办理，成为崇基学院哲宗系（一九七八年改为中大宗教系，又于二〇〇四年发展为文化及宗教研究系）之一学术单位。所筹建之神学楼，于一九六九年落成启用，并于二〇〇〇年重修及改建。神学课程及学术水准，均为香港中文大学认可，与其他学系具有同等地位，同受大学之监督，并提供由中文大学颁发之神学及基督教研究学位之课程。但神学组本身之管理，主要由各合作教会代表组成之神学校董会在崇基学院校董会领导下负责。其经常费不受大学拨款委员会资助，主要由教会各界人士及崇基学院校董会支持。为纪念已故之庞万伦牧师捐出小道风山土地，崇基学院校董会由一九九八年起，拨款设立「庞万伦基督教与中国文化讲师」教席。
神学组于二〇〇四年八月一日起易名为香港中文大学崇基学院神学院，以强化作为各地华人公立大学中唯一提供神学课程的神学教育机构之角色，并以此身分更广泛地与世界各地的神学院发展合作关系。
崇基学院神学院亦为东南亚神学教育协会之会员。本院所颁发之神道学学士、教牧学硕士、神学硕士及神学博士学位，皆由东南亚神学教育协会进行学术评审。
崇基学院神学院之历届毕业生，约半数已被教会按立为圣职人员，服务于海内外教会，另约有一半则分别在大专院校、神学院、基督教机构、教育及社会服务机构、工商界及其他专业界服务。
崇基神学院校长、院长及神学组主任
1963-1968年本院称为崇基神学院，设有校长（President）及院长／教务长（Dean），由1968年起神学院改名神学组，设有主任（Head），由2004年8月1日起，神学组易名为「崇基学院神学院」，设有院长（Director）。
校长
容启东博士（1963-1968）
院长／教务长
赵友仁牧师（1963）
芮陶庵博士（1964-1968）
主任
廖新民牧师（1968-1975）
欧礼彰牧师（1975-1977）
戴智民牧师（1977-1980）
潘应求牧师（1980-1982）
陈佐才法政牧师（1982-1987）
周天和牧师（1988-1992）
陈佐才法政牧师（1992-1995）
卢龙光牧师（1995-2004）
院长
卢龙光牧师（2004-2014）
邢福增博士（2014-2020）
叶菁华博士（2020至今）